Der Ursprung der Stadt ist nicht einfach zu bestimmen. Eine Legende erzählt, dass der Name von Amalfi kommt, einer Nymphe die Hercules sehr liebte, und dessen Name Amalfi war. Sie starb sehr jung und Hercules begrabte sie hier, im schönsten Ort für ihn, und gründete eine Stadt mit ihrem Namen. Vom historischen Standpunkt aus wurde Amalfi nach dem Tod Konstantins gegründet. Einige römische Familien, Schiffbrüchige im Golf von Policastro, gründeten dort die Stadt "Melphes", heute Melfi. Später zogen sie nach Norden und gründete eine zweite Stadt mit dem Namen "A-Meplphes, Amalfi.

    Amalfi war sicherlich von den Römern bewohnt, die auf dem Lattari Gebirge flüchteten, um sich von den Germanischen und Langobardischen Invasionen zu verstecken. Es handelte sich um ein Castrum in Verteidigung des byzantinischen Dukat von Neapel und hatte eine privilegierte Beziehung zu Byzanz dank der grossen Fähigkeit im Handel.

    Die Segler aus Amalfi konnten Geschäftsbeziehungen zu allen Städten des Mittelmeeres verwalten, auch mit den Sarazenen. Amalfi Menschen erfunden den Kompass und verbreiteten seine Verwendung im ganzen Mittelmeer in der ersten Hälfte des dreizehnten Jahrhunderts, aber heute erzählt man dass dieser berühmte "mythische" Erfinder Flavio Gioia, nie wirklich existierte. Dennoch wurde ihm ein Denkmal von einem Künstler aus Cava de 'Tirreni, Alfonso Balzico, gewidmet, den ma noch heute in Amalfi bewundern kann. Eine alte Tradition erzählt dass ein Mann, namens Giovanni Gioia, der wahre Erfinder des Kompasses sei.

    Amalfi ist auch ein Bischofssitz seit 596 gewesen. Am 1. September 839 trennte sich Amalfi vom Ducat von Neapel und wurde eine eigenständige Stadt. Die langobardischen Fürsten waren stets interessiert diese reiche Stadt zu erobern, aber Amalfi konnte widerstehen. Amalfi war ein eigenständiger Staat und wurde zunächst von einem Grafen regiert, der jedes Jahr von Repräsentanten von adeligen Familien gewählt wurde, und danach von einem Herzog. Während der verschiedenen Regierungen gehörten zum Staat Amalfi die Gegend zwischen Positano und Cetara, zusammen mit Capri und den 'Li Galli' Inseln. Dazu zählten auch Teil des Lattari Gebirge bis zu Gragnano, in der Nähe von Sorrent.

    Die Stadt Amalfi war die Hauptstadt der Seerepublik Amalfi, eine wichtige Handelsmacht im Mittelmeerraum zwischen 839 und um 1200. Dies war die beste und glorreichste Zeit für Amalfi: Es war auch die Zeit der Rivalität mit Pisa, Genua und Venedig. Amalfi prägte eigene Münzen und hatte ihre eigene Währung: der Tarì. Der Handel war sehr erfolgreich und Kaufleute hatten Kolonien in vielen Orten am Mittelmeer. Amalfi entwickelte die erste schriftliche Seerechtkodifikation Italiens, die Tabula Amalphitana, die heute, als Kopie aus dem siebzehnten Jahrhunderts, im Stadtmuseum "Museo Civico" zu sehen ist.

    Auf dem Höhepunkt seiner ökonomischen Macht, im 11. Jahrhundert, wurde Amalfi von den Normannen bedroht, und gleichzeitig durch innere Unruhen geschwächt. Im Jahre 1039 beherrschte Prinz von Salerno Guaimar IV Amalfi für eine kurze Zeit. Er annektierte Amalfi an Salerno, zuasmmen mit Sorrent, Gaeta und die Herzogtümer von Apulien und Kalabrien. Dann begann Robert Guiscard seine Herrschaft in Süditalien und im Jahr 1073 musste Amalfi um Hilfe beten, um vom Druck von Salerno befreit zu werden, und der letzte Herzog von Amalfi, Marino Sebaste, wurde entfernt. Die Normannen besetzten Amalfi, aber Robert Guiscard war sehr großmütig mit dem Amalfitanern. Nach seinem Tod im Jahre 1085 versuchte Amalfi oft, sich von den Normannen zu befreien. In 1131 wurde Amalfi von normannischen König Roger II erobert, aber schützte Amalfi und ihren Handel und wurde deswegen eine sehr wichtige Ressource für die Herrschaft von Sizilien.

    Zwei verheerende pisanische Angriffe (im 1135 und im 1137) beendeten schließlich Amalfis Glanzzeit. Im Jahr 1135 wurde Amalfi von den Pisanern betrogen, die Teil des Bündnisses gegen die Normannen waren, und plünderten Amalfi, sowie andere Städte in der Nähe. 
    Während des Mittelalters hatte Amalfi mächtige Flotten: eine militärische und eine kaufmännische Flotte. Die militärische Flotte war sehr stark und besiegte oft die Araber, wie zum Beispiel in der berühmten Schlacht von Ostia (849) als Amalfi zur Verteidigung Roms gegen die Muslime beitrug. Amalfi baute seine Schiffe in einem Arsenal, deren Ruinen noch erhalten sind. Es ist jetzt noch das einzige erhaltene Arsenal in ganz Süditalien, das 1240 und 1272 neu strukturiert geworden ist. Auf diesen Stränden wurden Handelsschiffe gebaut, die aus diesem Grund mit dem byzantinischen Namen "scaria" genannt sind. In der Nacht zwischen 24. und 25. November gab es einen schrecklichen Erdrutsch und der Hafen versank, verursacht durch einen fürchterlichen Südwestwind.

    Im Jahre 1398 wurde Amalfi Lehensgut der Familie Sanseverino, und danach der Familien Colonna, Orsini und Piccolomini. Im fünfzehnten Jahrhundert wurde Amalfi von den Aragonesen beherrscht und regiert, und dies bezeichnete auch die Ankunft der katalanischen Kaufmännern, die im Wettstreit mit den lokalen Kaufleuten traten. Dies war wieder eine Zeit der Dekadenz.

    Im Jahre 1643 brach eine grausame und schreckliche Pest aus und ein Drittel der Bevölkerung starb.

    Im achtzehnten Jahrhundert waren Amalfi und die Amalfiküste fast unbewohnt: adelige Familien zogen nach Neapel, aber in diesem Zeitraum wiederblühten die neuen handwerklichen Tätigkeiten: die Korallen-Verarbeiter, die Goldschmiede, und die sogenannten "calafati", die Schiffe reparierten und wasserdicht machten.

    Im Juni 1807 war Joseph Bonaparte bei seinem ersten Besuch so von der Amalfiküste begeistert, dass er beschloss eine Straße von Neapel nach Amalfi bauen zu lassen. Die Straße wurde im Jahre 1854 durch Ferdinand II beendet. Im Jahre 1879 fand hier der berühmte Schriftsteller Erik Ibsen, während er zu Fuß durch die engen Gassen der Amalfiküste spazierte, die richtige Inspiration um sein Meisterwerk "Nora oder ein Puppenhaus" fertig zu schreiben.

    Im 20. Jahrhundert wurde wurde ein berühmter touristischer Reiseziel, die "Dolce Vita" aus Rom erreicht bald Capri und Amalfi: Schauspieler und Schauspieler innen Regisseure, Künstler, kamen an diese bezaubernde Küste, und lieben sie noch heute.